Không có quy định bắt buộc về cách sắp xếp chứng từ kế toán, mỗi đơn vị tùy theo tình hình cụ thể để có cách sắp xếp sao: dễ bảo quản, dễ tìm để phục vụ cho công tác quản lý nội bộ cũng như giải trình với các cơ quan chức năng: cơ quan thuế, cơ quan bảo hiểm, quản lý thị trường…
Có một số cách sắp xếp chứng từ kế toán: 
- Từng bộ chứng từ hoặc từng loại chứng từ riêng biệt
- Cách sắp xếp theo từng loại chứng từ riêng biệt

1. Hồ sơ khai thuế

- Hồ sơ khai thuế năm: Đóng thành 1 bộ
+ Báo cáo tài chính
+ Quyết toán thuế TNDN
+ Quyết toán thuế TNC
- Hồ sơ khai thuế tháng/quý
+ Tờ khai thuế GTGT
+ Báo cáo tình hình sử dụng hóa đơn
+ Tờ khai thuế TNCN

2. Hóa đơn

- Hóa đơn đầu vào: xếp theo từng kỳ kê khai thuế tương ứng với bảng kê mua vào kỳ đó
+ Đối với những hóa đơn có giá trị từ 20 triệu trở lên: photo UNC kẹp cùng để tiện theo dõi công nợ và giải trình
+ Đối với tờ khai hải quan nhập khẩu kẹp cùng chứng từ nộp thuế nhập khẩu, thuế GTGT hàng nhập khẩu
- Hóa đơn đầu ra: xếp theo từng kỳ khai thuế tương ứng với bảng kê bán ra kỳ đó

3. Phiếu thu, phiếu chi

- Phiếu thu: xếp theo thứ tự từ nhỏ đến lớn
+ Nếu nhiều: xếp theo tháng
+ Nếu ít: xếp theo quý
- Phiếu chi: tương tự như phiếu thu

4. Phiếu nhập kho, phiếu xuất kho

- Phiếu Nhập kho: xếp theo thứ tự từ nhỏ đến lớn
+ Nếu nhiều: xếp theo tháng
+ Nếu ít: xếp theo quý
- Phiếu Xuất kho: tương tự như phiếu nhập
(Có thể kẹp cùng hóa đơn photo đầu vào, đầu ra tương ứng)

5. Chứng từ ngân hàng

Xếp theo sao kê ngân hàng tháng hoặc quý: UNC, giấy nộp tiền, báo nợ, báo có, xếp phía sau theo thứ tự trên sao kê
sắp xếp chứng từ kế toán

6. Hồ sơ TSCĐ, công cụ dụng cụ

- TSCĐ: Thẻ TSCĐ, hóa đơn photo, hợp đồng photo, hồ sơ hình thành TSCĐ, thanh lý TSCĐ, Bảng trích khấu hao TSCĐ
- CCDC: hóa đơn photo, hồ sơ hình thành CCDC, Bảng phân bổ CCDC

7. Hợp đồng kinh tế: Hợp đồng mua vào, hợp đồng bán ra

- Xếp theo từng Khách hàng, Nhà cung cấp
- Trong từng KH, NCC lại xếp theo thứ tự thời gian
- Trong mỗi bộ hợp đồng đầy đủ: Hợp đồng, Biên bản thanh lý, biên bản nghiệm thu, báo giá, tờ khai hải quan photo (nếu liên quan đến xuất nhập khẩu)… và hóa đơn photo, chứng từ thanh toán photo

8. Hồ sơ lao động

- Hồ sơ từng lao động
- Hợp đồng lao động, Đơn xin nghỉ việc, quyết định cho nghỉ việc
- Quyết định bổ nhiệm, tăng lương
- Thông báo bảo hiểm
- Hồ sơ tăng, giảm lao động
- Thang bảng lương

9. Hồ sơ lương và thuế TNCN của NLĐ

+ Bảng lương
+ Bảng chấm công
+ Đăng ký giảm trừ gia cảnh
+ Cam kết 02/CK-TNCN
+ Ủy quyền quyết toán thuế TNCN
+ Đăng ký mã số thuế cá nhân
+ Hồ sơ pháp lý của doanh nghiệp:
- Giấy đăng ký kinh doanh
- Mẫu con dấu
- Tờ khai thuế môn bài
- Mở tài khoản ngân hàng
- Đăng ký tài khoản ngân hàng với Sở KHĐT
- Thông báo phát hành hóa đơn
- Mẫu hóa đơn

10. Hồ sơ làm viêc với các cơ quan chức năng

- Quyết định thanh kiểm tra của cơ quan thuế, cơ quan bảo hiểm
- Quyết định xử phạt hành chính
- Giấy nộp tiền vào ngân sách nhà nước liên quan

12. Hồ sơ khác

Một số hồ sơ khác ít phát sinh có thể lưu chung vào 1 file